Historia klubu jest bardzo krótka, bo sięga raptem kwietnia 2009 roku. Pomysł założenia klubu piłkarskiego zrodził się w głowach Pawła Przybyszewskiego i Tomka Rzepeckiego. Jak bardzo często bywa tak genialne pomysły rodzą się na imprezach towarzyskich. Udało im się zarazić pomysłem grono kolegów wywodzących się z drużyny Trafiki, która brała udział w turnieju halowym dla niezrzeszonych w Świebodzinie.

     Początkowo drużyna miała mieć swoja siedzibę w Kupieninie na bazie tamtejszych „Zielonych”, których drużyna miała być zawieszona. Z reaktywacji „Zielonych” wyszły nici ponieważ jak się okazało drużyna nie była wcale zawieszona a rozwiązana. Tak więc cała biurokracja związana z założeniem i rejestracja stowarzyszenia nie mogła nas ominąć. Na tym etapie zawiązał się już mini komitet założycielski, złożony z Pawła Śliwy i Zbyszka Sawickiego wspieranych przez kolegów z Trafiki. Pojawiła się idea, aby skoro klub ma być tworzony od zera, zrobić to w Świebodzinie, mieście z którym związani są wszyscy członkowie klubu.

     Dalej wszystko potoczyło się bardzo szybko. Po zebraniu wstępnych deklaracji odnośnie gry w klubie zwołano spotkanie założycielskie stowarzyszenia. Odbyło się ono w kwietniu 2009 w barze „Skarpa” na osiedlu Żaków w Świebodzinie. Lista członków założycieli liczyła 17 osób. Zebrani przyjęli statut, a także wybrali władze stowarzyszenia. W kwietniu zaczęliśmy również w miarę regularne treningi. Poza stroną czysto sportową sen z powiek spędzały sprawy organizacyjne. Dzięki życzliwości urzędników starostwa powiatowego oraz urzędu gminy, formalności rejestracyjne przebiegły bardzo sprawnie.

     Klub w międzyczasie zdobył zaufanie naszych dobroczyńców, którzy postanowili wesprzeć nas finansowo w działaniach statutowych. Ich pełna lista jest dostępna na stronie klubowej w zakładce sponsorzy. W roli opiekuna drużyny zgodził się występować Andrzej Puchacz - żywa legenda świebodzińskiej piłki, wieloletni snajper Pogoni, kilkakrotny król strzelców III ligi.

      Tuż przed rozpoczęciem pierwszej oficjalnej potyczki o punkty.

     30 sierpnia 2009 rozegrany został historyczny, pierwszy oficjalny mecz Santosu Świebodzin. Na inauguracje rozgrywek C klasy "Święci" (bo taki przydomek przylgnął do drużyny w międzyczasie), pewnie pokonali spadkowicza z B-klasy z poprzedniego sezonu - Brunatnych Sieniawa 6:1. Pierwsza bramkę w historii klubu zdobył Adrian Nowaczyk.

     Podobnie jak debiut wyglądała reszta sezonu 2009/2010, Santos z kompletem zwycięstw w 16 meczach pewnie awansował do wyższej klasy rozgrywkowej. Równie dobrze poszło w Pucharze Polski - zespół dotarł do finału na szczeblu podokręgu gdzie zmierzył się z Medykiem II Ciborz. Po regulaminowych 90 minutach i dogrywce było 2:2, ale w serii rzutów karnych lepszy okazał się Santos wygrywając 4:3.

    Po krótkiej przerwie letniej, oraz okresie przygotowawczym, zespól  wzmocniony paroma nowymi zawodnikami, przystąpił do rozgrywek klasy "B".

     Tam "Święci" kontynuowali swa znakomita passe ligowych zwycięstw, aż do ostatniego meczu rundy jesiennej kiedy to nieznacznie ulegli Victorii Szczaniec 0:1. Na kolejnym szczeblu Pucharu Polski los zetknął Santos z beniaminkiem ligi okręgowej - Bizonem Wilkowo. Po szybkim i twardym spotkaniu, wyżej notowani goście wyeliminowali świebodzinian zwyciężając 3:0.

     W przerwie zimowej doszło do zmiany szkoleniowca - miejsce Andrzeja  Puchacza zajął jego dawny opiekun, Marian Fiodorowicz, który już w nowym 2011 roku zaczął przygotowywać zespół do rundy rewanżowej.

     Na wiosnę Santos nie zwolnił tempa, z 13 meczów ligowych wygrał 12 i zanotował 1 remis na boisku Jedności Podmokle. Po raz kolejny z 1 miejsca w tabeli  wywalczono awans do wyższej klasy rozgrywkowej. Rownie udana dla drużyny była kolejna edycja Pucharu Polski podokręgu Świebodzin - "Święci"  ponownie zdobyli puchar, w finałowym meczu rozbijając Victorie Szczaniec 8:3.

     Pod koniec sezonu ruszył projekt "Młody Santos" którego celem było stworzenie zespołu juniorskiego, gdzie miałyby wychowywać się przyszłe pokolenia piłkarzy pierwszej drużyny. Pomysł okazał się strzałem w dziesiątkę, już od pierwszych treningów, pod okiem Janusza Obuchanicza oraz Wojtka Szczepanka, regularnie szkoliła się grupa około 30 młodzieżowców. Z końcem czerwca zakończono treningi i wszyscy udali się na wakacyjną przerwę w rozgrywkach.

     Jesienne rozgrywki sezonu 2011/12 w klasie A, były równie udane dla drużyny jak te w poprzednich latach i niższych ligach - na półmetku Santos znów był liderem z 7-punktową przewagą nad drugim w tabeli Sokołem Dąbrówka Wlkp. W I rundzie wojewódzkiego Pucharu Polski "Święci" wyeliminowali Błękitnych Toporów, a w II rundzie ulegli, po emocjonującym meczu zakończonym wynikiem 3:4, piłkarzom Formacji Port 2000. Także młodzież spisywała się znakomicie plasując się na 3 lokacie z 2-punktową stratą do lidera.

     Posady nie zdołał utrzymać dotychczasowy szkoleniowiec - Marian Fiodorowicz, któremu z początkiem roku podziękowano za współpracę i zaczęto rozglądać się za nowym opiekunem dla zespołu. Po krótkich poszukiwaniach włodarze Santosu postanowili dać szansę młodemu trenerowi, dobrze znanemu w lokalnym środowisku sportowym, byłemu piłkarzowi Pogoni Świebodzin - Tomaszowi Traczyńskiemu.